Problémy s kontaminací: Případ belgických vědců a studie o patogenech brambor
Tým vědců z Belgie se setkal s nečekanými komplikacemi při studiu patogenů brambor. Popisují to jako nepříjemnou kontaminaci, kterou museli řešit, a touto zkušeností se naučili důležitou lekci o důsledcích laboratorních chyb.
V nyní staženém článku v periodiku Metallomics, publikovaném v lednu 2024, vědci z Univerzity v Liège uvedli, jak dostupnost dusíku a železa ovlivňuje interakci bakterie způsobující běžné skvrny na bramborách s dvěma mikroorganismy, které způsobují bramborovou plíseň. Výsledky naznačovaly, že bakterie měla antimikrobiální vlastnosti vůči oběma mikroorganismům, přičemž většina experimentů se soustředila na houbu způsobující pozdní plíseň.
Po publikaci autoři zjistili, že jejich kmen mikroorganismu způsobujícího pozdní plíseň nebyl tím, který byl popsán v článku. Ačkoliv laboratoř původně obdržela správný kmen, „sklenice se kontaminovaly a houbová kontaminace nakonec převzala kontrolu nad kmenem, který jsme chtěli studovat,“ uvedl Sébastien Rigali, odpovědný autor a profesor na Univerzitě v Liège.
Kontaminace vzorků v laboratoři je pro vědce stále přítomným problémem a vedla k stažení několika článků. Pro studie využívající buněčné linie existují zdroje, jako je registr ICLAC, které pomáhají vědcům zabránit použití kontaminovaných buněk. Kontaminace houbami během přípravy a experimentů je tak častým problémem, že mnohé pokyny pro kultivaci buněk zahrnují sekci o tom, jak s tímto problémem zacházet.
V případě houbových kultur použitých ve studii Metallomics potvrdilo sekvenování genomu, že skutečný kmen nebyl tím, který byl popsán v článku. „Protože naše práce se zaměřila na makroskopické fenotypy, původně jsme si kontaminaci nevšimli; původní kmen a kontaminant vypadaly na Petriho miskách podobně,“ uvedl Rigali. Později zkoumal vzorky pomocí elektronové mikroskopie a „uvědomil si, že morfologie nebyla, jakou jsme očekávali.“
On a jeho spolupracovníci kontaktovali časopis s žádostí o stažení článku, protože „data byla sama o sobě vědecky důvěryhodná, ale biologický příběh byl špatný, protože jsme nevědomky pracovali s nežádoucím organismem.“
„I při velké opatrnosti a nejlepších pracovních podmínkách se chyby mohou stále stát,“ dodal Rigali. „Co by bylo mnohem horší, by bylo, kdybychom kontaminaci nezjistili a nechali vydaný nesprávný příběh.“ Článek byl stažen v dubnu 2024, méně než čtyři měsíce po jeho publikaci.
„Všichni spolupracovníci se shodli, že ‚tyto věci se stávají,‘ zdůrazňujíc, že to, co skutečně záleželo, bylo naše okamžité stažení článku a následné předložení revidované verze, která je podle nás všem zlepšením,“ řekl Rigali.
Nový článek byl publikován v Metallomics v říjnu 2024. Oznámení o stažení bylo aktualizováno v listopadu 2025, abychom zmínili náhradu, „která nyní přesně odkazuje na správný kmen.“ Cíle a kontext nového článku „jsou správně sladěny a více zaměřeny na specifické environmentální živiny, které vyvolávají antifungální aktivitu Streptomyces scabiei“, bakterie způsobující bramborové skvrny, „prostřednictvím nedostatku železa.“
Katherine J. Franz, šéfredaktorka Metallomics, uvedla, že ve většině případů dochází k oznámení o stažení, náhradě a upozornění současně. „Tentokrát došlo k časovému odstupu mezi stažením a vydáním revidované verze, která je nyní k dispozici,“ dodala.
Franz doporučila, „Mou radou pro ostatní vědce, kteří by mohli čelit podobným problémům, je zacházet s situací profesionálně a upřímně, aby se udržela rigoróznost vědeckého procesu.“
